É através da deglutição que o bolo alimentar que estava na boca chega ao estômago, passando pela faringe e pelo esôfago (no qual existem paredes musculares cujas contrações resultam os movimentos peristálticos). Na entrada da laringe há uma válvula de cartilagem, a epiglote, cuja função é controlar a passagem do bolo alimentar para o esôfago e evitar que o alimento entre no sistema respiratório. Durante a passagem do alimento, a epiglote se abaixa, fechando a entrada da laringe. A passagem dos alimentos do esôfago para o estômago ocorre através da válvula cárdia, que tem a função de impedir o refluxo do alimento para o esôfago durante as contrações estomacais.

            No estômago começa o processo de quimificação, aonde atua a pepsina, enzima que transforma as proteínas em peptídeos. O estômago é um órgão em formato de bolsa com o pH ácido. Ele pode ficar horas misturando o bolo alimentar em seu interior com a secreção gástrica (água, muco, ácido clorídrico e enzimas). O bolo alimentar torna-se mais líquido e ácido, passando a se chamar quimo e vai sendo, aos poucos, encaminhado para o duodeno.

            O  alimento segue para o intestino delgado, passando pela válvula piloro que impede o seu fluxo. O quimo passa a se chamar quilo, sofrendo ação do suco pancreático, do suco entérico e da bile (produzida pelo fígado e armazenada na vesícula biliar). O intestino delgado divide-se em duodeno, onde devido à ação da bile e dos sucos, completa-se a digestão; e jejuno e íleo, responsáveis pela absorção dos nutrientes. Os nutrientes absorvidos pelos vasos sanguíneos do intestino passam ao fígado para serem distribuídos pelo resto do organismo.

           O quilo dirige-se para o intestino grosso, onde ocorre a absorção de água e sais minerais. O intestino grosso mede cerca de 1,5 m de comprimento e divide-se em ceco, cólon ascendente, cólon transverso, cólon descendente, cólon sigmóide e reto. A saída do reto chama-se ânus e é fechada por um músculo que o rodeia, o esfíncter anal. Inúmeras bactérias vivem em relação de mutualismo no intestino grosso. Sua função consiste em dissolver os restos alimentícios não nutritivos, reforçar o movimento intestinal e proteger o organismo contra bactérias estranhas.

          As fibras vegetais, principalmente a celulose, não são digeridas nem absorvidas, contribuindo com porcentagem significativa da massa fecal. Como retêm água, sua presença torna as fezes macias e fáceis de serem eliminadas. Como o intestino grosso absorve muita água, o conteúdo intestinal se condensa até formar detritos inúteis, que são evacuados.